Разработан алгоритм поиска мутаций при раке прямой и толстой кишки
В Москве создан вычислительный алгоритм, который за считанные часы находит мутации ДНК, способствующие росту раковых клеток при онкологии прямой и толстой кишки. Разработка принадлежит группе российских ученых, сообщили в пресс-службе Центрального университета. Данную информацию сообщает портал ТАСС.
По словам научного сотрудника Германа Ашниева, раньше биологам приходилось действовать методом проб и ошибок, выясняя, какие гены активирует та или иная длинная некодирующая РНК. Новый подход за несколько часов вычислений дает проверяемую гипотезу — короткий список приоритетных генов-мишеней. Это как навигатор в геноме, отметил исследователь.
Ученые учли, что на формирование опухолей влияют не только белковые мутации, но и некодирующие участки ДНК, отвечающие за синтез длинных цепочек РНК. Эти последовательности управляют активностью множества генов, включая онкогены. Одна из таких цепочек — SNHG1 — усиленно размножается при раке прямой и толстой кишки. Долгое время оставалось неясным, с какими участками генома она взаимодействует.
Разработанный алгоритм анализирует контакты ДНК и РНК, метки активности генов и расположение суперэнхансеров. С его помощью найдены 12 перспективных генов-мишеней, активность которых повышена в опухолях пациентов. Среди них — ген TOP1, уже применяемый как мишень химиотерапии. Это подтверждает работоспособность метода и ускорит создание новых лекарств, а также точный подбор лечения.
По данным Всемирного фонда изучения рака, рак прямой и толстой кишки ежегодно диагностируют у более чем 1,8 млн человек. Свыше половины больных умирают в течение пяти лет после выявления болезни, особенно при поздних стадиях.
